Центр располагается в нагорной части Барнаула на площадке медицинского кластера, где уже работают краевая клиническая больница и Федеральный центр травматологии, ортопедии и эндопротезирования. Центр рассчитан на 190 коек. Здесь же будет работать консультативная поликлиника на 120 посещений в смену с работой в две смены. Планируется основное шестиэтажное здание центра поделить на амбулаторно-поликлинический и стационарный блоки. Конструктив здания перинатального центра выполнен с учетом специфики оказываемых медицинских услуг - сопровождения беременности и рождения детей.